Фамилия Иотченко звучит как типичная украинская фамилия с суффиксом -енко, который означает «сын» или «потомок». Однако её основа необычна и сразу бросается в глаза: корень «Иот-» встречается в русских и украинских фамилиях редко. Чтобы понять происхождение, нужно разобраться, от какого имени или прозвища она могла образоваться.

Самая вероятная версия — от канонического православного имени Иоанн. В народной речи это имя давало множество форм: Иван, Иванко, Иво, Иотка. Последняя форма — Иотка — могла возникнуть как уменьшительное от Иоанн через усечение и добавление суффикса -к- (сравните: Иван → Иванка, Иоанн → Иотка). От этой основы с помощью патронимического суффикса -енко и образовалась фамилия Иотченко: буквально «сын Иотки». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: И́отченко, что соответствует украинской акцентологической норме для фамилий на -енко.

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с библейским именем Иофор (тесть Моисея), которое в просторечии могло сократиться до Иот. Но это имя практически не встречалось в крестьянской среде, поэтому версия с Иоанном правдоподобнее. Ещё реже можно предположить связь с греческим словом «иота» (буква, малость), но прозвище «Иота» для человека было бы крайне нехарактерно и не зафиксировано в ономастике.

Географически фамилия Иотченко тяготеет к южным и центральным областям Украины, особенно к Черкасской и Киевской, где суффикс -енко исторически доминировал. В России она встречается редко и почти всегда указывает на украинские корни предков. Социально носители фамилии, вероятно, происходили из крестьян или казаков — в этих сословиях патронимические фамилии на -енко были массовыми в XVII–XIX веках. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно, что подтверждает её простонародное происхождение.

Таким образом, Иотченко — украинская фамилия, образованная от народной формы церковного имени Иоанн через уменьшительное Иотка. Предки человека с такой фамилией, скорее всего, были крестьянами или казаками из центральной Украины, а сама фамилия закрепилась за их потомками в XIX веке.