Фамилия Ирдынеев — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному толкованию в рамках славянской лексики. В ней нет корней, связанных с ремёслами, внешностью или характером, привычных для русских фамилий. Всё указывает на восточное, скорее всего, тюрко-монгольское происхождение.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ев (под ударением е, а не ё) указывает на патронимическую модель: «чей?» — Ирдынеев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Ирдыней. Основа, в свою очередь, восходит к тюркскому или монгольскому личному имени Ирдын (Эрдэнэ, Ирдэн). В монгольских языках «эрдэнэ» — «драгоценность», «сокровище», «драгоценный камень». Имя Эрдэнэ широко распространено у бурят, калмыков и монголов, а в русской передаче через старое письмо или устную речь легко превращалось в Ирдын, Ирдыней.

Таким образом, фамилия Ирдынеев — это русифицированная форма бурятского или калмыцкого отчества. Её носитель — потомок человека, которого звали Ирдын (драгоценный). Географически фамилия тяготеет к регионам традиционного расселения бурят: Забайкалье, Бурятия, Иркутская область. Встречается она и среди калмыков, но реже.

Интересно, что в русских документах XVII–XVIII веков, когда шёл активный учёт нерусского населения Сибири, бурятские имена нередко записывали на слух, с русскими окончаниями. Имя Ирдын могло получить форму Ирдыней (как русское уменьшительное), а затем к ней добавили фамильный суффикс. В результате фамилия сохранила память о кочевых корнях, но полностью вписалась в русскую патронимическую систему.

Других надёжных версий, например, из славянских корней, нет. Сближение с диалектным «ирдык» (овраг, крутой берег) маловероятно: для образования фамилии с таким суффиксом потребовалась бы форма «Ирдыков» или «Ирдыкин». Фамилия Ирдынеев — это, скорее всего, осколок бурятской антропонимии, закреплённый в русском родовом имени.