Фамилия Ирдынеева — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка указывает на этническое происхождение, а не на случайное совпадение. В основе лежит мужское имя Ирдыней (или Ирдэни), которое распространено у бурят и калмыков. Оно восходит к тибетскому «ратна» — «драгоценность», «сокровище». В буддийской традиции это слово входит в состав многих имён (например, Радна, Эрдэни), а в монгольских языках закрепилось как Эрдэнэ, Эрдени, Ирдыней. Фамилия образована по русской модели притяжательного суффикса -ев, который в данном случае присоединили к основе «Ирдыней» (через выпадение конечного -й), получив сначала отчество «Ирдынеев», а затем и фамилию в женской форме «Ирдынеева».

Суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской административной среде — скорее всего, в период массовой фиксации бурятских и калмыцких родов в метрических книгах и ревизских сказках XIX века. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются у русских, -ев здесь стоит после мягкого согласного (звук «н» в исходном имени смягчался перед -ев). Это типичный пример адаптации нерусского имени: местное имя превращали в русское отчество, а затем в фамилию, не меняя корня.

Версия о том, что основа могла быть тюркской (например, от слова «ирдым» — «помощь»), маловероятна: в тюркских языках нет устойчивого антропонима Ирдыней, а в бурятском и калмыцком это имя хорошо документировано. Кроме того, фамилия почти не встречается за пределами регионов традиционного проживания бурят (Забайкалье, Бурятия, Иркутская область) и калмыков (Калмыкия, Астраханская область). В центральной России она единична и, скорее всего, результат миграции XX века.

Сословно носители фамилии Ирдынеев/Ирдынеева, как правило, относились к бурятским или калмыцким казакам либо к крестьянам-скотоводам. В бурятских родах имя Ирдыней часто давали мальчикам в знак пожелания богатства и удачи — драгоценность как символ ценности жизни. Так что предки человека с этой фамилией могли быть не просто скотоводами, а людьми, чьё имя несло буддийский благопожелательный смысл.