Фамилия Исаджаньян — редкий пример, где в одном слове сплелись два имени: библейское и восточное. Её основа — составное арабское имя Исаджан, которое переводят как «Иисус-душа» или «живущий с Иисусом» (где «Иса» — арабская форма имени Иисус, а «джан» — «душа», «жизнь» по-персидски). Фамилия образована по армянской модели с типичным суффиксом -ян (или -ьянц в старом написании), который означает принадлежность или происхождение. То есть Исаджаньян — это «из рода Исаджана», потомок человека с таким именем.

Имя Исаджан встречается на Кавказе и в Закавказье, особенно у народов, где смешались исламские и христианские традиции. У армян, исповедующих христианство, имя «Иса» не было редкостью, а добавка «джан» придавала ему ласковый, почти бытовой оттенок. В отличие от многих фамилий, которые берутся от профессий или прозвищ, эта сразу указывает на личное имя предка, причём имя не календарное, а скорее народное, бытовавшее в устной речи.

Суффикс -ьян в армянских фамилиях — один из самых распространённых, но именно форма «Исаджаньян» (с буквой «ь» перед «я») встречается реже, чем просто «Исаджанян». Такое написание могло закрепиться в русской записи при переезде или паспортизации в XIX–XX веках, когда чиновники фиксировали фамилию на слух. В армянском оригинале суффикс звучит как -ян, но в русском варианте мягкий знак подчёркивает происхождение от имени, оканчивающегося на мягкий согласный.

Основные версии происхождения сходятся на том, что Исаджаньян — фамилия армянская, хотя имя-основа арабо-персидское. Споров о значении почти нет: все ономасты указывают на составное имя. Редкость фамилии в том, что она не привязана к какому-то одному региону: носители встречаются и в Армении, и в армянских диаспорах России, Грузии, Ирана, но везде их немного. Если искать аналоги, то можно вспомнить фамилию Исаев (от того же «Иса»), но Исаджаньян стоит особняком из-за второго корня, который сразу выделяет её среди прочих.

Из-за малой распространённости о сословной принадлежности предков судить сложно. Скорее всего, это были крестьяне или ремесленники, а не дворяне — армянские дворянские фамилии чаще оканчивались на -янц, но и тут нет строгого правила. В любом случае, фамилия Исаджаньян — это живой след давнего смешения культур, где христианское имя получило персидскую «душу».