Фамилия Исамбергенова — редкий для русской ономастики случай, когда мы имеем дело не с восточнославянским, а с тюркским именником, адаптированным через русский суффикс. Её основа — мужское имя Исамберген, которое состоит из двух корней: «Исам» (арабское «Иса» — Иисус в исламской традиции, плюс аффикс принадлежности) и «берген» (тюркское «данный», «дарованный»). В сумме имя означает «данный Исой» или «дар Иисуса». Такие имена-обереги, где ребёнка «отдавали» под покровительство пророка или святого, были распространены у тюркоязычных народов, исповедующих ислам, — казахов, каракалпаков, ногайцев.

Суффикс -ов- в фамилии Исамбергенова — классический русский патронимический формант, который в XVIII–XIX веках добавляли к нерусским именам при переходе на фамильную систему. Окончание -а указывает на женскую форму, но в русском обиходе фамилия может принадлежать и мужчине, и женщине без изменения (как, скажем, Смирнова). Мужской вариант — Исамбергенов.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и русские традиции документооборота: Западный Казахстан, Нижнее Поволжье, Оренбуржье. В дореволюционных переписях такие фамилии часто фиксировались у оседлых казахов, которые первыми получали русские паспорта. То есть предки носительницы фамилии, скорее всего, были скотоводами или мелкими торговцами, но главное — мусульманами, выбравшими для ребёнка имя с религиозным подтекстом.

В отличие от фамилий на -ин или -ский, которые часто указывают на место жительства или род занятий, Исамбергенова целиком и полностью патронимична: это «дочь (или потомок) Исамбергена». Никакого прозвища, ремесла или географической привязки в основе нет — только имя, данное при рождении. Это типичная модель для фамилий, возникших в XIX веке на окраинах Российской империи, где русская канцелярия просто записывала отца по имени.

Спорных версий у фамилии практически нет: арабский и тюркский компоненты прозрачны, а суффикс однозначен. Единственное, что может сбить с толку, — попытка прочитать «Исам» как «Исам» с ударением на второй слог, но в тюркском произношении ударение падает на первый.