Фамилия Имбергенова — женская форма фамилии Имбергенов, которая почти наверняка имеет тюркское происхождение. В её основе лежит личное имя, составленное из двух частей: «им» и «берген». Первая часть восходит к арабскому «иман» — вера, верность. В тюркских языках «им» может быть искажением или стяжением этого слова. Вторая часть — «берген» — причастие от глагола «бер» (дать) в тюркских языках, то есть «давший». Таким образом, имя Имберген (или Иманберген) означает «давший веру» или «верой данный». Имя давали с пожеланием, чтобы ребёнок был набожным, или в благодарность за рождение.

Суффикс «-ов/-ев» в фамилии Имбергенов указывает на патронимическую модель, характерную для народов, испытавших влияние русской делопроизводственной традиции. В казахской, каракалпакской, ногайской, башкирской среде фамилии на «-ов» стали массово фиксироваться в XIX–XX веках, при оформлении документов по русскому образцу. Поэтому Имбергенов, скорее всего, — казахская, каракалпакская или ногайская фамилия. Географически она встречается в Западном Казахстане, в Каракалпакстане (Узбекистан) и в Астраханской области России, где компактно живут ногайцы.

В отличие от русских фамилий, где суффикс «-ов» часто присоединялся к прозвищу или профессии, здесь он закрепился за полным арабско-тюркским именем без усечения: Имберген + ов. Это типично для фамилий, образованных от уже сложных имён, а не от бытовых прозвищ. Родственные фамилии — Иманбергенов, Имбердиев, Бергенов — отличаются перестановкой или усечением корней. Имбергенова — самая компактная форма, где начальное «иман» сократилось до «им».

Сословно предки носительницы фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, поскольку в тюркской среде фамилии на «-ов» носили все слои, кроме высшей знати (султаны, торе), у которых были родовые имена без русского суффикса. Точных сведений о дворянском или купеческом происхождении Имбергеновых нет, и вряд ли они были: фамилия образована от широко распространённого имени, а не от редкого титула.