Фамилия Ищейкины образована от прозвища Ищейка. В основе лежит слово, которым называли розыскную собаку, обученную искать преступников или пропажи. Прозвище могло закрепиться за псарем, который ухаживал за такими собаками или занимался их натаской. В переносном смысле Ищейкой могли окрестить и сыщика, и просто надоедливого, навязчивого человека.

По модели образования это типичная «фамилия-отчество»: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Ищейкин», то есть сын или потомок Ищейки. Такая форма характерна для фамилий, возникших из прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Среди однокоренных, хоть и редких, можно вспомнить фамилию Ищейков (с суффиксом -ов, что встречается реже при такой основе).

Точных сведений о месте и времени возникновения фамилии нет — процесс становления русских фамилий был долгим и не всегда фиксировался в документах. Однако можно предположить, что прозвище Ищейка бытовало в среде, связанной с охотой или сыском: среди псарей, сторожей, приказных людей. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён, эта несёт яркую профессиональную или характерологическую окраску, что делает её выразительным памятником народной словесности.