Фамилия Ишигилова — яркий пример того, как одна буква в суффиксе может изменить географию и историю рода. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев и -ин — самые распространённые, но здесь мы видим -ова, что указывает на женскую форму. Мужской вариант — Ишигилов. Такая модель типична для тюркских народов, где фамилии образовывались от имён или прозвищ с помощью патронимического суффикса, адаптированного под русскую грамматику.

Основа фамилии — Ишигил. Скорее всего, это сложное тюркское имя или прозвище. Первая часть, иши (или иш), в тюркских языках означает «работа», «дело», «труд». Вторая часть, гил (или кил), может восходить к слову со значением «приходить», «прибывать». Вместе «ишигил» можно истолковать как «пришедший с работой» или «тот, кто пришёл на дело» — прозвище для человека деятельного, трудолюбивого, возможно, мастера или ремесленника, которого звали для выполнения заказа.

Есть и другая, менее очевидная версия: Ишигил могло быть вариантом личного имени Ишигул (от тюркского «иш» + «гул» — «работа-цветок»), которое при адаптации в русских документах потеряло конечный звук. Фамилия встречается преимущественно у башкир и татар, а также в среде сибирских татар, что подтверждает её урало-поволжское происхождение. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном характере и, возможно, о происхождении от одного конкретного родоначальника.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Ишигиловы в XIX веке скорее всего относились к сословию государственных крестьян или тептярей — многонациональной группе населения, платившей подати и не принадлежавшей к дворянству. Фамилия не указывает на знатное происхождение, но прямо говорит о связи предков с трудом и ремеслом.