Фамилия Ишигова — редкий пример, где женская форма закрепилась в качестве основной, а не как производная от мужского варианта. В русской традиции фамилии на -ов/-ев и -ин образуют женскую форму через окончание -а, но Ишигова выглядит так, будто её исходник — Ишигов. Однако в реальности фамилия могла возникнуть сразу в женском роде, если её носительницей была женщина, получившая фамилию от отчества или прозвища в условиях, где мужская форма не фиксировалась документально.

Корень «Ишиг-» указывает на тюркское происхождение. В татарском, башкирском и казахском языках слово «ишек» означает «дверь», а «иш» — «пара», «товарищ» или «равный». С меньшей вероятностью, но возможно, основа восходит к монгольскому «ишиг» — «козлёнок». Таким образом, прозвище Ишиг могли дать человеку, который был «вторым» (например, близнецом), работал с дверями (плотник, сторож) или имел отношение к скотоводству.

Суффикс -ова в фамилии — не столько патронимический, сколько ассимиляционный. Когда тюркское имя или прозвище входило в русскую среду, к нему добавляли типичное окончание, чтобы фамилия звучала по-русски. В Поволжье и на Урале, где татарское и башкирское население веками соседствовало с русским, такие фамилии встречаются чаще всего. Географически Ишигова могла закрепиться в сёлах бывшей Казанской или Уфимской губерний.

Если отталкиваться от модели «Ишиг + ова», то фамилию носили потомки человека, которого в общине знали по прозвищу Ишиг. Социальный статус предков мог быть разным: от крестьян до служилых татар. В метрических книгах XIX века подобные фамилии редко фиксировались у дворян — это скорее фамилия крестьянская или мещанская, что не делает её менее интересной для изучения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ишков, Ишеев, Ишиев — показывает, что основа «иш-» распространена шире, а форма с «-иг» встречается реже. Это говорит о том, что Ишигова — локальный вариант, возможно, возникший из-за диалектного произношения или ошибки писаря при переписи.