Фамилия Ишкатова — женская форма мужской фамилии Ишкатов, и разбирать её происхождение нужно через мужской вариант. В основе фамилии лежит прозвище или имя Ишкат, которое, скорее всего, образовано от тюркского корня «иш» — «работа, дело, труд». В таком случае Ишкат — это «работник», «деловой человек» или даже «трудоголик». Подобные прозвища давали людям, которые славились усердием или занимали какую-то должность, связанную с хозяйственными делами.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским именем Исхак (библейский Исаак). В тюркской среде это имя могло трансформироваться в Ишкат через местные диалектные формы. Однако для такой версии нет устойчивых лингвистических подтверждений, и она уступает первой по вероятности.

Суффикс «-ов» в мужской форме указывает на типичную русскую модель образования фамилии от имени или прозвища, оканчивающегося на твёрдый согласный. В данном случае к основе «Ишкат» добавили суффикс принадлежности. Фамилия Ишкатов/Ишкатова характерна для регионов с тюркским населением или зоной исторического смешения народов — Поволжья, Урала, Западной Сибири. Встречается у татар, башкир, чувашей и русских, живущих в этих краях.

Особенность фамилии в том, что она не связана с каким-то одним народом или сословием. Её носителями могли быть и крестьяне, и ремесленники, и купцы — прозвище «работник» не давало социальной привязки. Скорее, оно указывало на личную характеристику первого носителя, что делает фамилию «говорящей», но без шаблонного значения.