Фамилия Ишхаметов образована от сложного тюркского мужского имени Ишхамет, которое можно разобрать на две части. Первая — «иш» — в тюркских языках означает «дело, работа, труд», а также «спутник, товарищ». Вторая — «хамет» (или «хамит») — восходит к арабскому имени Хамид, то есть «восхваляющий, прославляющий Бога». Таким образом, имя Ишхамет могло означать «товарищ Хамида» или «спутник восхваляющего», а в более широком смысле — «деятельный, работящий человек, прославляющий Бога». Имя было распространено у башкир и татар, где сохранилась традиция давать сложные имена-композиты.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для народов Поволжья и Урала, попавших под культурное и административное влияние Российской империи. По сути, Ишхаметов — это «сын Ишхамета» или «потомок Ишхамета». Фамилия фиксируется преимущественно у башкир, реже у татар, что подтверждается данными современных переписей и телефонных справочников: основная зона бытования — Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области.

В ономастике встречается и более редкая версия, связывающая первую часть «иш» с тюркским «ич» (внутренность, нутро) или «эш» (пара, ровня). Эти гипотезы менее убедительны, так как имя Ишхамет в тюркской антропонимике устойчиво, а его составные части хорошо прослеживаются в других именах (Ишбулат, Ишмурат, Хамидуллин). Сословной принадлежности предков по фамилии не установить: Ишхаметовы могли быть и крестьянами, и служилыми людьми, и мусульманским духовенством — имя не несет социальной окраски.

В дореволюционных документах фамилия могла записываться и как Ишхамитов, и как Ишхаметдинов, поскольку окончание -ов нередко заменяло патронимический суффикс -ович или отчества на -дин. Современный вариант Ишхаметов — наиболее частый и стандартизированный.