Фамилия Ишхнели — редкий пример, в котором переплелись грузинские, армянские и тюркские языковые следы. Разобраться с её происхождением непросто, но можно выделить две основные версии, и обе заслуживают внимания.

Первая и самая вероятная версия — топонимическая. Фамилия образована от названия местности Ишхани, которая находилась в исторической грузинской провинции Тао (или Тоа). Изначально эти земли входили в грузинское царство Иберия, позже перешли под власть Армении, а сегодня находятся на территории Турции. Суффикс -ели в грузинских фамилиях (как в Мирцхулава, Гургулия) часто указывает на происхождение из определённого места. Так, прозвище Ишхнели, скорее всего, давали выходцу из Ишхани. Это типичная модель: человека называли по тому селу или области, откуда он родом.

Вторая версия связывает фамилию с личным именем Ишхан. В переводе с древнетюркского это имя означает «друг хана» или «ровня хану». Такие имена-пожелания были распространены: родители давали их, чтобы ребёнок в будущем стал влиятельным и уважаемым человеком. Однако стоит отметить, что фамилии, образованные непосредственно от имени Ишхан, чаще встречаются в армянской среде (Ишханян), а форма Ишхнели с грузинским суффиксом указывает скорее на географическое, а не на личное происхождение.

В Книге памяти Красноярского края упоминается Михаил Николаевич Ишхнели, родившийся в 1886 году в селе Арадэти Тифлисской губернии. Эта запись — ценное свидетельство: она подтверждает, что носители фамилии жили в регионе, который исторически был частью грузинского культурного пространства, и что фамилия бытовала среди крестьянского сословия.

Таким образом, наиболее убедительным выглядит объяснение фамилии через топоним Ишхани. Тюркское имя Ишхан, хотя и возможно как основа, даёт меньше оснований для появления именно такой формы.