Фамилия Ишкильдин ведет начало от тюркско-татарского мужского имени Ишкильде. Оно составное: первая часть «иш» означает «друг, товарищ, ровня», вторая — «кильде» переводится как «родился, появился, пришел». Полное значение имени — «родился друг» или «появился товарищ». Такие имена, содержащие пожелание дружбы и равенства, были распространены в среде татар и башкир.

Фамилия образована по русской модели с помощью патронимического суффикса -ин. В тюркских языках нет суффикса -ин, поэтому это типичный случай, когда при переходе в русскую культуру имя отца закрепилось за потомками через привычное для русского уха окончание. Ишкильдин буквально означает «потомок Ишкильде».

Интересно, что вторая часть имени — «кильде» — в разных тюркских диалектах может звучать как «килде», «гелде» или «килган». Поэтому встречаются варианты фамилии Ишкильдеев, Ишкильдин, а также однокоренные фамилии с основой Иш-: Ишмуратов, Иштуганов, Ишбердин. Все они восходят к одной модели имен, где часть «иш» указывает на социальную характеристику человека.

Географически фамилия Ишкильдин чаще всего встречается среди башкир и татар, особенно в северо-западных районах Башкортостана и в соседних областях — Челябинской, Оренбургской. Встречается она и у мишарей — этнической группы татар. В архивных записях XVIII–XIX веков носители фамилии фиксировались как тептяри или государственные крестьяне.

Поскольку имя Ишкильде не было каноническим, его давали не при крещении, а в быту. Это значит, что предки Ишкильдиных, скорее всего, были мусульманами, у которых сохранялись доисламские тюркские имена. Фамилия закрепилась уже после того, как в XIX веке начался массовый учёт населения Российской империи, когда имена отцов записывали как фамилии для целых семей.