Фамилия Ишкиняев образована от тюркского имени Ишкиняй, которое в свою очередь восходит к личному имени Ишкен. Основа имени — тюркское слово «иш» (работа, дело, занятие) или «ишкен» (выросший, взрослый). Суффикс -ай в тюркских именах выполняет ласкательную, уменьшительную функцию, поэтому Ишкиняй — это «маленький Ишкен» или «Ишкен-родной». Фамилия строится по русской модели: к основе Ишкиняй добавляется патронимический суффикс -ев (вместо ожидаемого тюркского -ов после гласной), что указывает на принадлежность к роду Ишкиняя.

Географически фамилия редкая, её носители сосредоточены в Поволжье и Приуралье — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это типичная среда бытования тюркских фамилий, которые оформились в русском делопроизводстве после XVI–XVII веков, когда татары и башкиры начали массово получать фамилии по отцу. Суффикс -ев, а не -ин, указывает на то, что основа имени заканчивалась на гласный звук: Ишкиняй → Ишкиняев.

Вероятно, предок носителя фамилии носил имя Ишкиняй, которое в быту могло быть сокращением от более длинного составного имени (например, Ишкенбай или Ишкенгали). В тюркской антропонимике такие имена часто давали детям, чтобы подчеркнуть их связь с трудом, делом или взрослением. Другая, менее правдоподобная версия связывает основу с тюркским «ишкен» (сорняк, бурьян) — такое прозвище могли дать человеку, жившему в зарослях или занимавшемуся расчисткой земли, но имя Ишкен в значении «сорняк» встречается реже, чем как вариант от «иш».

С точки зрения фонетики, фамилия сохранила тюркское произношение с мягким «н» и ударением на второй слог (ИшкИняев), хотя в русской среде возможен перенос ударения на третий. Написание с буквой «я» после «н» (а не «а») — результат адаптации тюркского звука [йа] к русской графике. В дореволюционных записях фамилия могла фиксироваться как Ишкиняевъ или Ишкиняев, без вариантов.