Фамилия Ишкинеев — редкий случай, когда географическое происхождение угадывается почти сразу, ещё до разбора корня. Характерное сочетание «-еев» на конце указывает на тюркскую основу, а суффикс -еев (фонетический вариант -ев) говорит о том, что фамилия образована от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или гласный. В русской традиции такие фамилии часто получали крещёные татары, башкиры и другие народы Поволжья и Урала.

Основа «Ишкин» восходит к тюркскому имени Ишкин (или Ишкен). У этого имени несколько возможных значений. Наиболее вероятное — от «ишкен» (тюрк. «выросший, взрослый, возмужавший»), то есть имя-пожелание силы и зрелости. Вторая версия связывает основу с «иш» (тюрк. «работа, дело»), тогда Ишкин — «работящий, деловой». Третья, менее распространённая, — от арабского «ишк» (любовь, страсть), но для Поволжья эта версия слабее: арабизмы чаще встречаются в южных тюркских языках, а не в татарском или башкирском.

Модель образования проста: тюркское личное имя Ишкин + русский патронимический суффикс -ев (в форме -еев). Такую фамилию мог получить сын человека по имени Ишкин при переходе на русскую систему фамилий в XVIII–XIX веках. Скорее всего, предки Ишкинеевых были государственными или ясачными крестьянами, либо служилыми татарами — в тех краях фамилии на -еев часто закреплялись за сословиями, обязанными платить налог или нести военную службу.

Географически фамилия привязана к Татарстану, Башкортостану и соседним областям — Оренбургской, Челябинской. Встречаемость низкая, что типично для фамилий, образованных от редких личных имён. В дореволюционных метрических книгах и переписях Ишкинеевы фигурируют в основном как крестьяне и мещане.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ишкеев, Ишкин, Ишмуратов) подтверждает: все они держатся на тюркском корне «иш» — «дело, товарищ, работа». Но Ишкинеев стоит особняком благодаря суффиксу -еев, который в русской ономастике нередко сигнализирует о более поздней русификации исходного имени.