Фамилия Ишкиняева образована от мужского имени Ишкиняй, которое в свою очередь является русской или татарской формой тюркского имени Ишкенде или Ишкен. Корень «иш» в тюркских языках означает «дело», «работа», «труд», а «кен» — «широкий», «просторный». Таким образом, имя могло означать «широкое дело» или «человек большого труда». Суффикс -ев указывает на принадлежность: Ишкиняев — сын или потомок Ишкиняя.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: основа Ишкиняй- плюс типичный русский суффикс -ев, который обычно присоединяется к основам на согласный или -й. Это говорит о том, что фамилия формировалась в русскоязычной среде, вероятно, в Поволжье или Приуралье, где тюркские имена активно входили в русский обиход через крещение или межэтнические контакты. Имя Ишкиняй могло быть как календарным (редким, возможно, от святцев), так и мирским, прозвищным.

Регионально фамилия встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. Носители, вероятно, происходят из татарских или башкирских родов, принявших православие или сохранивших ислам. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались у крестьян и мещан, но не были дворянскими. Сословно предки Ишкиняевых — скорее всего, государственные или ясачные крестьяне, занимавшиеся земледелием и скотоводством.

Есть версия, что имя Ишкиняй могло быть вариантом имени Ишмухаммет или Ишбулат, где «иш» — «товарищ», «спутник». Но в таком случае форма Ишкиняй выглядит как самостоятельное уменьшительное, а не сокращение. Более правдоподобно, что основа — тюркское «ишкен» (широкий, просторный) с добавлением аффикса -яй, характерного для татарских личных имён (ср. Ахматяй, Габдуляй). Фамилия нечастотная, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска в указанных регионах.