Фамилия Ишмуханов — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована от арабского имени. В основе лежит сложносоставное мужское имя Ишмухаммед, которое в свою очередь состоит из двух частей: «иш» (от арабского «ишк» — любовь, страсть) и «мухаммед» (имя пророка, означающее «восхваляемый»). Таким образом, имя Ишмухаммед можно перевести как «любящий Мухаммеда» или «любовь Мухаммеда». Фамилия строится по стандартной русской патронимической модели: к основе на согласный добавляется суффикс -ов, что даёт значение «сын Ишмухана» (где Ишмухан — бытовая, сокращённая форма от Ишмухаммед). Аналогичным образом образованы фамилии Ишмуратов (от Ишмурат) или Ишмухаметов.

Появление таких фамилий в русской среде связано с татарами и башкирами, которые традиционно исповедовали ислам и использовали арабские имена в качестве личных. В XVIII–XIX веках, при проведении переписей населения и закреплении фамилий за крещёными и некрещёными народами Поволжья и Урала, многие татары и башкиры получили фамилии по имени отца, оформленные русскими суффиксами. Ишмухановы — это, скорее всего, потомки тех, кто носил имя Ишмухаммед, и фамилия закрепилась в тех регионах, где татарское и башкирское население было многочисленно: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской, Челябинской областях.

Интересно, что фамилия не имеет варианта с суффиксом -ев, хотя основа Ишмухаммед заканчивается на мягкий согласный. Это говорит о том, что в быту имя стянулось до формы Ишмухан, где конечный «н» — твёрдый, что и дало стандартный суффикс -ов. Встречаются также написания с буквой «е» в конце: Ишмухановы и Ишмуханевы могут быть вариантами одной фамилии, но второй вариант редок и мог возникнуть из-за ошибок переписчиков, которые записывали фамилию на слух.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Ишмуханов — чисто патронимическая фамилия, не несущая дополнительной характеристики предка (например, ремесла или внешности). Её корень — религиозный, что указывает на принадлежность носителей к мусульманской культурной традиции. Сейчас фамилия встречается не только в Поволжье, но и в других регионах России, а также в Казахстане и Средней Азии, куда она попала в результате миграций.