Фамилия Исмуханова — женская форма, а её мужской вариант Исмуханов. В основе лежит арабское мужское имя Исмухан. Оно составное: «исм» (имя) и «хан» (тюркский титул верховного правителя, князя). Получается нечто вроде «имя хана» или «носитель ханского имени». Такие двусоставные имена с компонентом «хан» были распространены у тюркских народов, принявших ислам, особенно в Поволжье, Приуралье и Средней Азии.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов/-ев, который присоединяется к основе имени. В данном случае основа — Исмухан, окончание -ов дало Исмуханов. Для женщин добавили окончание -а. Важно, что суффикс здесь не тюркский, а чисто русский — он указывал на принадлежность роду, на то, что человек — «сын Исмухана». Это типичная схема русификации фамилий у народов, вошедших в состав Российской империи.

Географически фамилия Исмуханова чаще всего встречается среди казахов, башкир и татар. В Казахстане она довольно распространена, особенно в западных и южных областях. У башкир и татар имя Исмухан (иногда в форме Исмухаммат) фиксируется в метрических книгах XIX века, например, в Оренбургской и Уфимской губерниях.

Редкость фамилии в том, что имя-основа Исмухан не стало массовым, как, скажем, Ахмет или Марат. Оно сохранило оттенок книжности или родовой традиции — возможно, предок носителя был человеком уважаемым, грамотным, связанным с духовенством или местной знатью. Прямых указаний на сословие нет, но составное имя с «ханом» часто давали в семьях, где ценили родословную.