Фамилия Измуханов — тюркская по происхождению, и её разумнее всего разбирать с корня, а не с суффикса. Основа — мужское имя Измухан, которое сложено из двух частей. Первая часть «из» — это искажённое «ис» или «ыс» (дым, запах, а в переносном смысле — «след», «признак»), либо восходит к арабскому корню со значением «честь», «могущество». Вторая часть «мухан» — вариант имени Мухаммед (Мухан, Махан), распространённый в казахской, башкирской, татарской и ногайской среде. Таким образом, Измухан можно перевести как «след Мухаммеда» или «честь Мухаммеда» — имя-композит, типичное для исламизированных тюркских народов.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая закрепилась у многих тюркских народов в XIX–XX веках, особенно в ходе переписей и паспортизации. Фамилии на -ов от имён на -хан — обычное дело: вспомните Усманов, Султанов, Асханов. Измуханов буквально означает «потомок Измухана» или «принадлежащий роду Измухана». Аналог в русской традиции — фамилии от крестильных имён (Иванов, Петров), но здесь основа восточная.

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану, Оренбуржью и Астраханской области — регионам, где веками соседствовали казахи, татары и ногайцы. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник был заметным человеком в своём ауле или роде, и его имя закрепилось за потомками без широкого расселения.

Социальный контекст: носители фамилии в XIX веке чаще всего были скотоводами или мелкими торговцами, реже — муллами. В документах Российской империи фамилию могли записать на слух: Измуханов, Исмуханов, Езмуханов — колебания в первой гласной обычны для тюркских заимствований. Если ищете свои корни, стоит проверить все варианты написания, особенно в метрических книгах Оренбургского магометанского духовного собрания.