Фамилия Ишоев — одна из тех, где не сразу угадаешь корень. В ней слышится что-то восточное, и это верное направление: основа восходит к мужскому имени Ишой, которое представляет собой вариант имени Иша или Исхак (библейский Исаак). В тюркской и кавказской среде, особенно у народов, исповедующих ислам, имя Исхак через местные диалектные формы дало такие варианты, как Иш, Иша, Ишой. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — Ишоев, то есть сын или потомок Ишоя.

Географически фамилия локализована довольно четко. Чаще всего она встречается у осетин (особенно дигорцев), а также у чеченцев и ингушей. В осетинском ономастиконе фамилии на -ев типичны, и Ишоев вписывается в этот ряд. У вайнахских народов фамилия тоже бытует, но там могла появиться и через прямое заимствование от соседей. Встречаются Ишоевы и среди таджиков, но это уже скорее следствие советского паспортного учета, когда фамилию записывали по отцу.

Словообразовательная модель проста: имя Ишой (вероятно, уменьшительно-ласкательная или диалектная форма от Исхак) плюс русский патронимический суффикс -ев. Это типично для многих фамилий народов Северного Кавказа, где в XIX–XX веках при оформлении документов к местным именам добавляли русские окончания. Фамилия недворянская, нестарая — в том смысле, что её письменная фиксация началась не раньше середины XIX века, когда имперская администрация стала массово записывать горцев.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «иш» — работа, дело. Тогда Ишой могло быть прозвищем работящего человека. Но на Кавказе, где фамилия распространена, имя Исхак встречается часто, а прозвища от абстрактных понятий — реже. Поэтому версия с именем убедительнее.

В целом, фамилия Ишоев — типичный пример того, как восточное имя, пройдя через русскую паспортную систему, закрепилось в виде, понятном для русской грамматики. Носители фамилии — почти наверняка потомки человека по имени Ишой, жившего в горных обществах Осетии или Чечни не позднее середины XIX века.