Фамилия Исханиди — редкий случай в русском ономастиконе. Она не славянского, а греческого происхождения, и её появление в России связано с историей греческой диаспоры.

В основе фамилии лежит греческое мужское имя Исхан (Ισχάν). Это имя, в свою очередь, восходит к тюркскому «ишан» — духовный наставник, глава суфийской общины, или к персидскому «ишан» (они, он) — почтительное обращение к высокопоставленному духовному лицу. Таким образом, имя Исхан в греческой среде могло указывать на связь человека с мусульманским Востоком или быть прозвищем, данным по роду занятий.

Суффикс -иди (-ίδης) в греческом языке — один из самых распространённых патронимических. Он означает «сын», «потомок». Получается, что Исханиди — это «сын Исхана». Модель образования фамилий на -иди характерна для понтийских греков, которые массово переселялись в Российскую империю в XIX — начале XX века из Малой Азии и Причерноморья (Трапезунд, Самсун). Многие из них оседали на Кубани, в Ставрополье, в Крыму и в городах юга России.

В русском языке фамилия склоняется по мужскому роду (Исханиди, Исханиди, Исханиди) и не склоняется по женскому. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Исханиди́, что типично для греческих фамилий на -иди.

Главная особенность фамилии Исханиди — её двуязычный мост. Греческая по форме, она хранит в основе тюркское или персидское слово, что отражает сложные культурные переплетения на территории Османской империи. Носитель этой фамилии почти наверняка принадлежит к потомкам понтийских греков, сохранившим свою идентичность через язык и фамильное имя.