Фамилия Исхужина — редкий случай, когда географическая привязка важнее разбора корня. Она почти наверняка происходит от названия населённого пункта Исхужа (или Исхуж) в Татарстане. Встречаются упоминания деревни Исхужа в Кукморском районе. Тогда фамилия образована по типичной для Поволжья модели: название места плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Первым носителем мог быть человек, переехавший из Исхужи в другое село или город, — его прозвали «исхужинский», а в быту закрепилась краткая форма Исхужин. Женский вариант Исхужина, соответственно, зафиксирован в документах как форма жены или дочери этого человека.

Сам топоним Исхужа, скорее всего, имеет тюркские корни. В татарском языке «ис» может означать «след» или «запах», а «хужа» — «хозяин», «владелец». Буквально — «след хозяина» или «запах хозяина», что могло быть прозвищным названием места, например, урочища или починка, где когда-то останавливался знатный человек. Впрочем, это лишь реконструкция: точная этимология села не установлена, и без полевых исследований говорить уверенно сложно.

Суффикс -ин в фамилии Исхужина указывает на её относительно позднее оформление — в XVIII–XIX веках, когда у крестьян и мещан массово закреплялись фамилии по месту жительства. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от личных имён или профессий, модель «топоним + -ин» характерна именно для переселенцев: человека называли по тому месту, откуда он родом. Если бы предок происходил из Исхужи, но остался жить в той же волости, фамилия могла не возникнуть — нужен был переезд или перепись, где его записали как «Исхужин сын».

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе практически нет. Это не Исаев или Исаков, где основа ясна. Исхужина стоит особняком: её корень не имеет славянских параллелей, а все аналогии уводят в татарскую или удмуртскую топонимику. Поэтому носитель фамилии с высокой вероятностью имеет корни из северо-западного Татарстана или соседней Удмуртии. Сословно предки могли быть государственными крестьянами или ясачными татарами — ни дворянства, ни купечества эта фамилия не даёт, если только не всплывут архивные записи о купцах из Исхужи, что маловероятно.

Фамилия Исхужина — не про прозвище и не про ремесло, а про место, которое уже почти исчезло с карт. В этом её главная ценность как маркера локальной истории.