Фамилия Исламходжаев образована от двух арабских основ — «Ислам» (покорность, предание себя Богу) и «ходжа» (господин, хозяин, наставник). В тюркоязычной среде, особенно в Средней Азии, слово «ходжа» означало потомка пророка Мухаммада или духовного учителя. Соединение этих слов в личном имени Исламходжа давало значение «господин ислама» или «наставник веры». Фамилия, таким образом, — это русифицированная форма отчества от этого составного имени.

Модель образования — типичная для фамилий выходцев из мусульманских регионов Российской империи: к восточному имени добавляли русский суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Встречается и написание Исламходжаев, и реже — Исламходжаев, но оба варианта восходят к одному источнику. В советское время, при паспортизации населения в Узбекистане, Таджикистане, Казахстане и других республиках, такие фамилии фиксировались именно в этой форме.

Географически фамилия Исламходжаев распространена в странах Средней Азии, особенно в Узбекистане и Таджикистане, а также среди потомков выходцев оттуда в России. Встречается она редко по сравнению с более простыми фамилиями вроде Исламов или Ходжаев, что говорит о её составном, «двухкорневом» происхождении — такие имена давали не всем, а чаще людям с религиозным или уважаемым статусом.

Предки носителей фамилии, скорее всего, были людьми, связанными с исламским образованием или духовной жизнью общины. Сам титул «ходжа» предполагал либо происхождение от пророка (сейиды и ходжи), либо роль учителя и проповедника. Поэтому Исламходжаевы могли происходить из семей мулл, кази (судей) или просто уважаемых старшин, чьё имя подчёркивало их место в мусульманском обществе.

С точки зрения ономастики, эта фамилия интересна тем, что сохранила в себе не только имя, но и социальный маркер. В русском языке она звучит как типичная фамилия на -ев, но её внутренняя форма полностью выдает восточное происхождение. Сравните с однокоренными: Исламов — проще, без указания на статус; Ходжаев — указывает на происхождение, но без привязки к вере. Исламходжаев объединяет оба смысла, что делает её более конкретной и редкой.