Фамилия Исмихонов — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а целая именная формула восточного происхождения. В ней легко угадываются два компонента: «Исми» и «хон». Первая часть восходит к арабскому «исм» — имя. Вторая, «хон» (или «хан»), — тюркский титул, означающий «владыка», «правитель», «господин». Таким образом, Исмихон — это составное имя, которое можно перевести как «имя господина» или «именованный господином». В прошлом так могли назвать мальчика в знак уважения к старшему родственнику или духовному наставнику, чьё имя как бы «передавалось» ребёнку.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединился к восточному имени Исмихон. Это типичный пример того, как в XIX–XX веках фиксировали фамилии у народов Средней Азии и Кавказа, когда при документальном оформлении к местному имени добавляли русский патронимический суффикс. Буквальное значение: «потомок Исмихона» или «из рода Исмихона».

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Таджикистану и, возможно, к северным районам Афганистана. В России она встречается редко и обычно у выходцев из этих регионов. Интересно, что имя Исмихон могло быть не только личным, но и прозвищем: в некоторых тюркских диалектах «исми» могло означать «знатный», «именитый», так что прозвище могло закрепиться за человеком, который вёл себя по-хозяйски или занимал видное положение в общине.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что в ней соединились арабский корень (исм) и тюркский титул (хан), а затем всё это «обрусело» через суффикс -ов. Подобные гибриды — не редкость в ономастиконе народов бывшего СССР, но именно сочетание «Исми-» с «-хон» встречается нечасто, что делает фамилию легко узнаваемой.