Фамилия Испайхановы ведет начало от мужского имени Испайхан. Это имя составное: первая часть восходит к чеченскому слову «испай» — «грация», вторая — к тюркскому титулу «хан», то есть «повелитель, господин». В буквальном переводе Испайхан означает «грациозный хан».

Словообразовательная модель фамилии — русский патронимический суффикс -ов, который присоединили к основе имени. Такая модель типична для многих народов Кавказа: местное имя оформляли по русскому образцу при документальной записи. Поэтому фамилия Испайханов — не исконно русская, а адаптированная, и в быту у чеченцев или кумыков она могла звучать иначе.

Географическая привязка фамилии — Дагестан, Хасавюртовский район. В Книге памяти Республики Дагестан упомянут Испайханов Исахан Исахан, 1895 года рождения, из села Акташ-Аул. Это село исторически населено кумыками, что не исключает и чеченских корней рода — в приграничных районах Северного Кавказа этнические границы всегда были подвижными.

Разбор корня показывает, что имя Испайхан — не единственное в ряду составных имен с компонентом «хан» на Кавказе (ср. Солтахан, Алихан, Умархан). Но первая часть «испай» редкая, встречается в основном в чеченской лексике. Это позволяет предполагать, что носители фамилии происходят из чеченской или близкой ей языковой среды, а не из тюркской, хотя титул «хан» — заимствование.

В фамилии ударение, скорее всего, падает на последний слог — Испайха́нов, как в большинстве русских фамилий на -ов. В исходном имени ударение могло быть на втором слоге — Испа́йхан.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: массовое закрепление фамилий у народов Северного Кавказа проходило в XIX — начале XX века, в период административного учёта Российской империей. Семья Испайхановых, судя по дате рождения старшего известного носителя (1895 год), получила фамилию не позднее конца XIX века.