Фамилия Истакеева — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти сразу, но точное значение исходного слова остаётся предметом споров. Это женская форма фамилии Истакеев, которая образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев от основы Истакей.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. Основа Истакей могла возникнуть от мужского имени Истак или Истака, которое в свою очередь восходит к древнетюркскому слову «истак» — «желание, стремление» или «просьба». В таком случае имя давали ребёнку, которого долго ждали или вымаливали у высших сил. Подобная практика широко распространена у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья.

Менее распространённая, но не лишённая оснований версия связывает фамилию с географическим названием. В ряде регионов Татарстана и Башкортостана встречаются топонимы с корнем «истак» — например, деревни или урочища. Тогда Истакеев — это выходец из такого места, а фамилия указывала на родину предка, а не на личное имя.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Истакея». Фамилия могла закрепиться в среде крестьян или служилых людей из татарских и башкирских родов, которые после принятия православия или в ходе переписи населения получали фамилии по имени отца. Встречается она в основном в республиках Поволжья и в смежных областях, но из-за малочисленности точных статистических данных по носителям нет.

С точки зрения словообразования фамилия нестандартна для русской ономастики: сочетание основы на -ей с суффиксом -ев встречается реже, чем типовые -ов или -ин, что дополнительно подчёркивает её иноязычное происхождение.