Фамилия Истакова — женская форма мужской фамилии Истаков. В её основе лежит тюркское мужское имя Истак. Словообразовательная модель проста: к тюркскому имени добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском роде — -а), что указывает на принадлежность к роду человека по имени Истак.

Само имя Истак восходит к древнетюркскому istäk — «желание, стремление». В переносном смысле так могли назвать долгожданного, желанного ребёнка, которого наконец дождались в семье. Это довольно распространённая модель в тюркской антропонимии: имена со значением «желанный», «прошеный у Бога» встречаются у многих народов (ср. татарское Теләнче, казахское Тілек). Вероятнее всего, фамилия сформировалась в среде татар, башкир или других тюркоязычных народов Поволжья и Приуралья, где такие имена были обычны.

В русскую фамильную систему Истаков попал через делопроизводство: при переписях или рекрутских наборах крестьянина или мещанина записывали по отцу — «Истаков сын», а затем это закрепилось как наследственная фамилия. Суффикс -ов типичен для русского ономастикона, но сама основа выдаёт нерусское происхождение первого носителя.

Встречается фамилия сегодня нечасто, в основном в Татарстане, Башкортостане и в регионах с татарскими диаспорами. Встречаются варианты с иным ударением (Истако́в) или написанием через букву «е» (Естаков), но они редки и, скорее всего, являются искажениями при записи.

Таким образом, Истакова — фамилия, которая прямо говорит о желанном предке: её основа — имя, данное ребёнку, которого ждали и просили у высших сил.