Фамилия Исаакова — одна из тех, что образована от полной формы крестильного имени. В основе лежит имя Исаак, которое пришло в русскую культуру вместе с христианством из библейской традиции. В переводе с древнееврейского оно означает «смеющийся». Этот смысл восходит к сюжету из Ветхого Завета: когда праматерь Сарра услышала пророчество о рождении сына в глубокой старости, она рассмеялась, и Бог повелел назвать ребёнка Исааком — «она засмеялась». На Руси библейские имена воспринимали как надёжный оберег: считалось, что имя праведника передаёт ребёнку часть его светлой судьбы.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Исаак- добавлен суффикс -ов- (в женском роде — -ова). Это типичный патроним, то есть «сын Исаака» или, в случае женской формы, «дочь / жена человека по имени Исаак». В русском языке фамилии на -ов/-ев чаще всего получали крестьяне и мещане, а в духовенстве и дворянстве были распространены другие суффиксы, поэтому Исаакова — фамилия преимущественно крестьянская или посадская.

Стоит обратить внимание на написание. В русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать двояко: Исаков и Исааков (с двойной «а»). Форма Исаакова — более архаичная, она точнее передаёт исходное имя и чаще встречалась в южных и западных губерниях Российской империи, где церковнославянское произношение держалось дольше.

В отличие от фамилий, образованных от уменьшительных форм (Исачкин, Исаев), Исаакова указывает на прямое, не сокращённое имя отца или мужа. Это говорит о том, что родоначальник был заметной фигурой в своей общине — возможно, старостой, церковным чтецом или просто человеком, чьё полное имя не заменяли прозвищем.

Однокоренные фамилии — Исаков, Исааков, Исаченко, Исаевич — разошлись по разным регионам и сословиям, но Исаакова осталась одной из немногих, сохранивших двойную гласную в корне.