Фамилия Иссакова образована от мужского крестильного имени Исаак, которое пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского это имя означает «смеющийся» и восходит к библейскому сюжету: Сарра, жена Авраама, рассмеялась, услышав предсказание о рождении сына в глубокой старости. В русской народной среде полное церковное имя Исаак часто сокращали и переиначивали, и одной из таких разговорных форм стало Иссак — с двойной «с» и без «а» в конце. Именно эта обиходная форма и легла в основу фамилии.

С точки зрения словообразования фамилия Иссакова — типичная «матрешка»: к основе Иссак- добавился суффикс принадлежности -ов, а окончание -а указывает на женский род. В русской традиции фамилии на -ов/-ев чаще всего получали крестьяне и мещане, реже — духовенство. Дворянские роды предпочитали суффиксы -ский/-цкий или вовсе не имели стандартизированных фамилий до XIX века. Поэтому можно уверенно сказать: скорее всего, предок с именем Иссак был выходцем из рабочей или крестьянской среды, а его потомки закрепили за собой фамилию по отцу: «чей?» — Иссаков.

Любопытная деталь: написание с двумя «с» (Иссакова) встречается реже, чем вариант с одной «с» (Исакова). Двойная «с» — это калька с греческого написания имени Ἰσαάκ, где вторая сигма отражает семитский удвоенный согласный. В бытовой записи XIX века двойную «с» могли ставить по ошибке или, наоборот, для «учёности», чтобы подчеркнуть книжное происхождение имени. Таким образом, носитель фамилии Иссакова, скорее всего, происходит от человека, которого в обиходе звали Иссак, а его корни уходят в крестьянский или ремесленный быт дореволюционной России.