Фамилия Исаакян — типичный пример армянской модели образования родовых имён. В армянском языке суффикс -ян (а в более архаичной форме -янц) восходит к притяжательному значению: он указывает на принадлежность к роду или клану. Буквально Исаакян означает «из рода Исаака» или «потомок Исаака».

Основа фамилии — мужское личное имя Исаак. Это библейское имя пришло из древнееврейского языка (יצחק, Ицхак), где его значение связано с глаголом «смеяться». Согласно Ветхому Завету, праматерь Сарра, услышав пророчество о рождении сына в глубокой старости, рассмеялась — отсюда и повеление дать младенцу имя, которое толкуется как «он засмеётся» или «смеющийся».

В армянской ономастике фамилии на -ян — самая массовая группа. Они закрепились в основном в XIX веке, когда армяне получили официальные фамилии при переписях в Российской империи. До этого формант -янц (например, Исаакянц) чаще использовался для обозначения целого клана, а более короткая форма -ян постепенно вытеснила её, став стандартным патронимическим суффиксом.

Интересно, что в армянской среде имя Исаак (Сагак, Сахак) было популярно не только как библейское, но и благодаря почитанию святых — например, святого Исаака Великого (Сахак Партев), католикоса Армянской апостольской церкви. Поэтому носители фамилии Исаакян могут быть потомками людей, названных в честь этого религиозного деятеля, а не обязательно ветхозаветного патриарха.

Географически фамилия Исаакян распространена по всей Армении и в армянской диаспоре, но заметно чаще встречается в исторических областях Западной Армении (ныне восток Турции) — оттуда в конце XIX — начале XX века многие носители фамилии переселились на Кавказ и в другие регионы.