Фамилия Истоцкий — яркий пример того, как географическое название или прозвище, связанное с местом, навсегда закрепилось за родом. В её основе лежит топоним, а точнее — название населённого пункта с корнем «ист-». Скорее всего, речь идёт о деревне или селе Истоцкое, Истоцк или Истцы. Такие названия встречались в разных губерниях Российской империи, особенно на западе и северо-западе. Происходили они от слова «истцы» — так в некоторых говорах называли исток реки, место, откуда она берёт начало, или, реже, болотистую, топкую местность.

Фамилия образована по типичной модели для польской, украинской и западной русской ономастики: при помощи суффикса -цк-/-ск- (Истоцк + -ий). Этот суффикс указывал на принадлежность к месту: «из Истоцка» или «истоцкий» — то есть выходец оттуда. Первым носителем фамилии мог быть помещик, владевший имением, или крестьянин, переселившийся в другую местность и получивший прозвище по родной деревне. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в основном давали по имени отца или роду занятий, фамилия на -ский часто выдаёт дворянское или шляхетское происхождение, хотя со временем она могла распространиться и среди других сословий.

Существует и другая, менее распространённая версия, связывающая фамилию с древнерусским словом «истый» — настоящий, истинный, подлинный. В этом случае Истоцкий могло означать «сын Истого» или прозвище человека честного, прямого. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -цк-/-ск- редко присоединяется к прилагательному в значении отчества, обычно он территориальный.

Ударение в фамилии плавающее: чаще слышится Истóцкий, но в некоторых семьях произносят Истóцкий. Однокоренные фамилии — Истцов, Истцовский, Истюков — имеют разную природу и не всегда связаны с одним корнем. Так, Истюков может восходить к тюркскому имени Истюк, а Истцов — к тому же «истцу» в значении «истец» (тот, кто подаёт в суд). Истоцкий же прочно держится за географию.

Встречается фамилия в основном в Беларуси, на западе России (Смоленская, Псковская области) и в Польше. Среди известных носителей выделяется разве что польский шахматист XIX века, но в целом фамилия редкая и негромкая.