Фамилия Истрафильева — женская форма фамилии Истрафильев, и её редкость сразу бросается в глаза. В основе лежит имя Истрафиль — искажённая народная форма канонического имени Серафим. В русской традиции, особенно в простонародной среде XVI–XVIII веков, греческое имя Σεραφίμ (от древнееврейского «сжигающий», «огненный» — ангельский чин) нередко переделывали до неузнаваемости: через Астрафиль, Острафиль, а затем и Истрафиль. Такой переход — не случайность, а живой процесс адаптации чуждого звучания: начальное «Се» заменялось на более привычное «Ис-», а мягкое «фим» — на твёрдое «филь».

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Истрафильев, то есть сын или потомок Истрафиля). Это типичная патронимическая фамилия, каких много в русском ономастиконе (Иванов, Петров, Сидоров), но с редкой основой. Если бы имя Истрафиль не закрепилось в документах, мы бы никогда не узнали, что Серафим мог звучать так по-деревенски.

Интересно, что фамилия Истрафильев (и её женская форма) почти не встречается в центральных областях России. По данным современных телефонных справочников и архивных списков, основные носители сосредоточены на юге — в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в Запорожье. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться среди казачества или крестьян, переселившихся в Новороссию в XVIII–XIX веках. Возможно, предок нынешних Истрафильевых был человеком набожным — имя Серафим давали в честь преподобного Серафима Саровского, но в народном произношении оно превратилось в прозвище, которое и стало фамилией.

В написании фамилии иногда путают: встречается вариант Истрафильева (с двумя «л») — это ошибка, поскольку основа «Истрафиль» имеет один «л» (как и исходное «Серафим»). Двойная «л» появлялась под влиянием греческого написания, но в русской бытовой традиции не прижилась.