Фамилия Истюнина — женская форма фамилии Истюнин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Чтобы понять корни, нужно разобрать основу «Истюн». Скорее всего, перед нами прозвище или производное от имени, образованное с помощью суффикса -ин, который в русских фамилиях указывал на принадлежность: «чей?» — «Истюнин», то есть сын или потомок Истюна.

Само имя или прозвище Истюн — редкая форма. Наиболее правдоподобная версия связывает его с каноническим христианским именем Иустин (от латинского justus — «справедливый»). В народной речи имя Иустин могло трансформироваться в Устин, а затем через диалектные особенности (например, замену начального «у» на «и» или влияние других говоров) дать форму Истюн. Суффикс -юн (как в именах Андрюн, Митрюн) характерен для севернорусских и некоторых центральных говоров, где он придавал уменьшительно-ласкательный или обиходный оттенок.

Другая, менее вероятная версия — от прозвища, связанного с глаголом «истюнить» или «истюкать» (в диалектах — «избить», «поколотить»). В таком случае Истюном могли прозвать драчуна или, наоборот, человека, которого часто били. Но эта гипотеза слабее, так как глагол редок и не имеет устойчивого закрепления в ономастике.

Географически фамилия Истюнина встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях — там, где суффикс -юн в именах был распространён. По сословному составу носители фамилии относились к крестьянам и мещанам. В дореволюционных переписях Истюнины не значились среди дворянских родов, что подтверждает народное, а не аристократическое происхождение.

Таким образом, предки современных Истюниных с высокой долей вероятности носили имя Истюн — просторечную форму от Иустин, и жили на Русском Севере или в центральных губерниях. Фамилия сохранила живую народную речь, где церковные имена перекраивались на свой лад.