Фамилия Истюнькин — редкий пример, где основа, скорее всего, не русская, а тюркская, а суффикс — классический русский. Модель образования проста: к основе «Истюньк» добавили притяжательный суффикс -ин, который в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?». Суффикс -к- в середине указывает на уменьшительную или уничижительную форму личного имени, то есть Истюнька — это производное от какого-то полного имени.

Самая вероятная версия: в основе лежит тюркское мужское имя Истюн (или Истин). В тюркских языках слово «истюн» (istün) означает «высший», «превосходный», «верховный». Имя с таким значением давали в надежде, что мальчик вырастет уважаемым и достигнет высот. На русской почве имя Истюн превратили в ласковую форму Истюнька, а от неё по отчеству пошла фамилия Истюнькин. Фонетически это объяснимо: тюркское «истюн» при произношении могло дать «истюн» → «истюнь», с мягким окончанием, характерным для русских уменьшительных имён.

Вторая, менее убедительная гипотеза — связь с диалектным словом «истюнька». В некоторых южнорусских говорах так могли называть нечто маленькое, незначительное или, наоборот, проказливого человека. Но эта версия слабая: слово не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров как распространённое, и логичнее предположить, что фамилия всё-таки восходит к имени, а не к случайному прозвищу.

Географически фамилия Истюнькин тяготеет к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: это Пензенская, Самарская, Саратовская области, Татарстан. Встречается она нечасто, что подтверждает её происхождение от личного имени, которое не было массовым.

По сословному составу носители в XIX веке — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий на -ин от неканонических (не церковных) имён. В ревизских сказках и метрических книгах середины XIX века Истюнькины встречаются в однодворческих и государственных крестьянских семьях, что тоже косвенно указывает на старожильческое, а не пришлое происхождение.