Фамилия Иудкина — женская форма фамилии Иудкин, и её происхождение напрямую связано с древним и редким личным именем. Основа фамилии — каноническое мужское имя Иуда, которое пришло в русский язык вместе с христианством из древнееврейского. В переводе оно означает «восхваляющий Бога» или «хвала Господу». Однако в русской культурной памяти это имя прочно связано с Иудой Искариотом, учеником, предавшим Христа, из-за чего имя долгое время не входило в число популярных и даже считалось «запретным» для наречения детей. Поэтому фамилия Иудкин — редкая, и её носители, скорее всего, происходят из семей, где имя давали по святцам в честь другого Иуды — апостола Иуды Фаддея, одного из двенадцати, который не был предателем. В православных святцах день памяти апостола Иуды отмечается 19 июня (2 июля), и в некоторых регионах, особенно в староверческой среде, имя могло использоваться без отрицательной коннотации.

Суффикс -ин указывает на модель образования, типичную для русских фамилий от основ на -а: Иудка (уменьшительная или разговорная форма имени Иуда) + -ин = «сын Иудки». То есть фамилия изначально была отчеством: Иудкин сын. В русской ономастике такие фамилии — одни из самых древних, они фиксируются в документах уже в XV–XVI веках. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: И́удкина, что характерно для фамилий от имён с ударением на первом слоге (ср. И́льин, И́саев).

Географически фамилия могла закрепиться в тех областях, где сохранялись архаичные имена и прозвища. Встречается она преимущественно на юге России и в некоторых районах Украины, где были сильны старообрядческие общины, а также в среде еврейского населения, для которого имя Иегуда (Иуда) — одно из традиционных. В последнем случае фамилия могла быть образована от варианта Иудка как прозвища или патронима. Сословно первые носители фамилии Иудкины, вероятно, относились к крестьянству или мещанству — в дворянской среде такое имя было практически исключено из-за его библейской репутации.

В написании фамилии встречается вариант с одной «д» — Юдкина, что связано с народной этимологией и стремлением избежать прямого сходства с именем предателя. Но исходная форма Иудкина — более точная с точки зрения исторического корня. В любом случае, носительница этой фамилии носит отпечаток редкой и непростой ономастической судьбы: имя, которое в народе обходили стороной, в церковной традиции оставалось святым.