Фамилия Иудина — одна из тех, где за привычным суффиксом скрывается неожиданная история. Вопреки распространённому мнению, имя Иуда в христианской традиции носили не один, а три евангельских персонажа. Кроме Иуды Искариота, известны апостол Иуда, брат Господень (память 2 июля), и апостол Иуда Иаковлев, он же Фаддей (13 июля). Именно эти двое — благочестивые святые, и в старину имя не было под запретом. От него образовывали уменьшительные формы: Юда, Юдка, Юдочка, Юденя.

Само имя восходит к древнееврейскому «йехуда» — «восхваляющий Бога». Фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе Иуд- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально Иудин — «сын Иуды», «потомок того, кого звали Иуда». Такая модель типична для русских фамилий, возникших из полных церковных имён.

Архивные документы подтверждают, что носители фамилии жили в разных губерниях и не были однородны по сословию. В Книге памяти Владимирской области записаны крестьяне Суздальского района: Иудин Василий Герасимович (1875 г.р., деревня Григорево) и Иудин Василий Ефимович (1871 г.р., село Весь). Новгородская книга памяти упоминает Иудина Григория (1874 г.р., Валдайский район, деревня Савкино). Эти записи показывают, что фамилия бытовала в центральной России среди крестьянского населения, а значит, основатель рода мог быть человеком высокого социального статуса, но его потомки со временем оказались в разных слоях общества.

Встречаются и другие однокоренные фамилии — Юдин, Юденков, Юдочкин. Они образованы от тех же народных форм имени Иуда. Фамилия Иудина, с полной церковной основой, звучит более книжно и торжественно, что могло указывать на особое отношение к имени в семье.