Фамилия Иваненков — наглядный пример того, как русская фамильная система умеет наслаивать суффиксы, создавая отчество «второго порядка». В основе лежит народная форма имени Иван — Иваня (от канонического Иоанн, что с древнееврейского переводится как «Божья милость»). Сначала появилось отчество «Иваненко»: суффикс -енко в украинской и южнорусской традиции означал «маленький Иваня» или «сын Ивани». А затем, когда носители этого прозвища двинулись севернее, в великорусские земли, фамилию достроили ещё одним отчеством — уже по русской модели на -ов. Так Иваненко стал Иваненковым, то есть «сыном Иваненко и внуком Ивани».

Этот двойной суффикс (украинский -енко плюс русский -ов) встречается нечасто и выдаёт миграционную историю: предки носителей фамилии, скорее всего, вышли с территорий современной Украины или юга России (Белгородчина, Курщина, Воронежская область) и осели в районах, где приживалась великорусская патронимическая норма. В отличие от простых Иваненко, которые остались в малороссийской среде, Иваненковы уже прочно обрусели к XVIII—XIX векам.

Само имя Иван, от которого всё пошло, было настолько распространено на Руси, что фамилии с корнем Иван- составляют едва ли не самую многочисленную группу. Но Иваненков стоит особняком: он не просто «Иванов сын», а «внук», и эта деталь сразу говорит о том, что в роду бережно хранили память о деде по имени Иваня. Никакой другой, более редкой основы здесь нет — корень прозрачен, а споры могут идти разве что о том, на какой именно территории фамилия оформилась окончательно.