Фамилия Избудинов — один из тех случаев, когда внешне понятная основа ставит перед исследователем больше вопросов, чем ответов. На первый взгляд, в ней слышится глагол «избудить» (разбудить, пробудить), но в русском языке нет традиции образовывать прозвища от повелительного наклонения или инфинитива — это противоречит словообразовательной модели. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Избудинов буквально значит «сын Избудина», а Избудин — это либо прозвище, либо фамилия отца, усеченная до основы.

Самая правдоподобная версия — связь с тюркским корнем. В языках тюркской группы есть слово «избудин» или близкое к нему, означающее «верующий», «уверовавший» (от арабского «ислам» через тюркское посредство). В таком случае прозвище Избудин мог получить человек, принявший ислам, или, наоборот, тот, кто был известен своей набожностью. Фамилии с корнем «избуд-» встречаются в среде татар, башкир и других тюркских народов Поволжья, откуда они могли перейти в русскую среду через крещение или смешанные браки.

Менее вероятна, но возможна версия от диалектного «избуда» — так в некоторых говорах называли строение, пристройку к дому, или даже прозвище человека, жившего в отдельной избе. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ин в основе «Избудин» (который затем перешел в -ов) типичен для отчеств от личных имен, а не от названий построек.

География фамилии Избудинов размыта, но чаще всего ее носители встречаются в регионах с давним татарским и башкирским населением — в Оренбуржье, Башкортостане, Татарстане. Встречается она и на юге Урала. Сословно предки Избудиновых, скорее всего, были государственными или экономическими крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.

Таким образом, Избудинов — фамилия, скорее всего, тюркского происхождения, связанная с религиозной или духовной характеристикой предка. В русском языке она закрепилась через отчество, а ее написание и произношение со временем обрусели.