Фамилия Ижендеева — редкий случай, когда тюркская основа и русский суффикс создают необычную звуковую форму. В основе лежит имя или прозвище Ижендей, которое восходит к татарскому или башкирскому корню «ижен» — «изделие, вещь, предмет». В диалектах Поволжья этим словом могли называть мастера, ремесленника, человека, который «делает вещи», то есть кузнеца, плотника или столяра. Суффикс -дей в тюркских именах часто указывал на обладателя качества: Ижендей — «имеющий отношение к изделиям», «мастеровой».

Фамилия образована по русской модели: к основе Ижендей добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного), а затем женское окончание -а. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Иженде́ева. Такая форма характерна для фамилий, которые закрепились в XIX веке у крещёных татар, башкир или мишарей, переходивших на русскую систему фамилий. Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану — именно там встречаются носители с похожими корнями.

Мужской вариант — Ижендеев — мог принадлежать ремесленнику, работавшему с металлом или деревом, но не исключено, что исходное прозвище дали за хозяйственность: «ижен» также связывают с понятием «достаток, имущество». В ономастических справочниках фамилия не описана, что говорит о её локальном бытовании и малой распространённости.

В написании возможна вариация Ежендеева, если в говорах произошло смягчение начального звука. Но исходная форма — через И — точнее передаёт тюркский источник.