Фамилия Ижгузин — один из тех случаев, когда написание говорит о живом народном произношении. В её основе лежит диалектный вариант мусульманского мужского имени Ишгузя, которое в устной речи превратилось в Ижгузя. Переход «ш» в «ж» перед звонким согласным — естественный для тюркских языков процесс уподобления звуков, поэтому обе формы бытовали параллельно.

Имя Ишгузя, как и многие восточные имена, составное. Первая часть восходит к древнетюркскому слову «иш» — многозначному корню, который мог означать «товарищ, друг, помощник», «ровня, равноценный», а также «народ, семья, род» и даже «парный, многочисленный». Вторая часть — «гузя» (от тюркского «хузя»/«хужа») — переводится как «хозяин», «владелец», «господин». Один из самых прямых вариантов перевода имени — «хозяин друга» или «господин товарищей».

Фамилию образовали по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который в фамилиях указывает на принадлежность: Ижгузин буквально означает «сын Ижгузи» или «из рода Ижгузи». Это типичный способ адаптации тюркских имён в русской среде, особенно в Поволжье и Приуралье, где фамилии на -ин и -ов у татар, башкир и других народов региона стали нормой к XIX веку.

Скорее всего, предки носителей фамилии были из числа народов, исповедующих ислам, — татар или башкир. Имя Ишгузя (и его вариант Ижгузя) встречается в среде тептярей и мишарей. Географически фамилия Ижгузин тяготеет к юго-востоку Татарстана, северо-западу Башкортостана и соседним районам Оренбургской области — местам традиционного расселения этих групп.