Фамилия Ижукина — женская форма фамилии Ижукин, и её происхождение упирается в прозвище или имя, которое сейчас почти не встречается в исходном виде. Основа — «Ижук» или «Ижука». Скорее всего, это вариант старинного нецерковного имени Иж, которое в русских говорах могло означать «уж» (змея) или, по другой версии, быть краткой формой от календарного имени Ижеслав или Ижор (последнее — от названия финно-угорского племени ижора). Суффикс «-ук» типичен для западнорусских и украинских земель: он образовывал прозвища по характерному признаку (например, Ижук — «тот, кто похож на ужа» или «сын человека по имени Иж»). Фамилия на «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Ижукин, то есть потомок Ижука.

Географически фамилия редкая и тяготеет к северо-западу России — Псковской, Новгородской, Ленинградской областям. В этих краях действительно бытовало слово «иж» в значении «уж», а также встречались фамилии Ижов, Ижевский. Но Ижукин — самостоятельная ветвь, не связанная с ними напрямую. Если предок был из-под Пскова, его прозвище могло быть связано с местной речью: «ижука» — так иногда называли человека с длинной шеей или извилистой походкой, похожей на змеиную.

Более редкая версия — связь с диалектным «иж» как «иной, другой» (от древнерусского «иже»). Тогда Ижук — прозвище для пришлого человека, чужака. Но это предположение слабее: суффикс «-ук» в таком случае нехарактерен для обозначения свойства, он чаще указывает на конкретный предмет или лицо.

В документах фамилия Ижукина фиксируется с XIX века в метрических книгах Олонецкой губернии (современная Карелия). Там её носили крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено — перед нами чисто народное образование, без искусственного происхождения от латинских или греческих корней.

Словообразовательная модель проста: прозвище Ижук → притяжательное прилагательное Ижукин → фамилия. Ударение, судя по архивным записям, падает на второй слог: Ижу́кина.