Фамилия Изукин — одна из тех, где корень спрятан за суффиксальной «ширмой». На первый взгляд она кажется производной от имени или прозвища Изюка, но это не так. В основе лежит слово «изу́ка» — диалектное, преимущественно южнорусское и украинское, означающее «выучка», «навык», «сноровка» или «опытный, бывалый человек». В некоторых говорах так называли знахаря, умельца, мастера на все руки. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Изукин буквально — «сын Изуки», то есть потомок человека, известного своей умелостью или учёностью.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище на -а плюс притяжательный суффикс. Сравните: Молока — Молокин, Коряка — Корякин, Забука — Забукин. Изука — нередкое прозвище в документах того времени. Например, в переписных книгах Рязанского края XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Изюка, но написание через «ю» объясняется аканьем и местным произношением: на письме «ю» вместо «у» фиксировало реальное звучание. Так что Изукин и Изюкин — варианты одной фамилии.

Географически фамилия тяготеет к югу России: Курская, Воронежская, Тамбовская губернии. Там же зафиксированы однокоренные фамилии — Изуков, Изюков, Изукинский. Версия о происхождении от тюркского «изюк» (косточка, орех) или от уменьшительного Изюка от имени Изот маловероятна: первая не имеет бытовой логики, вторая — натяжка, так как уменьшительные от Изота обычно звучат как Изотка или Зотка. Прозвище по мастерству — самая естественная и подтверждённая диалектной лексикой версия.

В XIX веке носители фамилии Изукин были преимущественно государственными крестьянами и однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. Фамилия не дворянская и не купеческая, что тоже косвенно подтверждает её «ремесленное» происхождение.