Фамилия Кабигужена происходит от мужского имени Кабигужа — усечённого варианта арабо-персидского имени Кабиходжа. Её основа составная: арабский корень «каби» (сильный, крепкий, могучий) и персидское слово «ходже» (начальник, глава семьи, хозяин, господин, учитель, мудрец). В сумме имя Кабигужа означало «сильный хозяин» или «могучий начальник» — титульное прозвище, которое давали человеку, обладавшему властью или уважением в общине.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ен- и окончанием -а. Такая форма типична для фамилий, которые в русском языке адаптировали из тюркских или мусульманских имён, особенно в Поволжье и Приуралье. Суффикс -ен- здесь выполняет роль притяжательного показателя: Кабигужена — буквально «из рода (дочь, жена) Кабигужи». Встречается и мужской вариант Кабигужен, но фамилия Кабигужена фиксируется чаще у женщин, что связано с особенностями русской грамматики при записи в документах.

Слово «ходжа» в составе имени указывает на социальный статус: так называли купцов, учёных, духовных наставников или просто зажиточных домохозяев в Средней Азии и среди тюркских народов. Соответственно, предок носителя фамилии мог быть либо религиозным авторитетом, либо человеком, который владел землёй или ремеслом. Второй элемент «каби» усиливает значение — это не просто хозяин, а хозяин сильный и влиятельный.

Фамилия редкая, её сложно встретить за пределами регионов с компактным проживанием татар, башкир или казахов, где были распространены имена на «ходжа». В русских переписях и метрических книгах она могла записываться по-разному: Кабигожин, Кабиходжин, Кабигужин. Современное написание Кабигужена — результат адаптации через суффикс -ен-, который в некоторых говорах заменял более привычный -ин.

Никаких широко известных носителей фамилии в публичном поле нет — это редкая семейная фамилия, сохранившаяся скорее в устной традиции. Её разбор показывает, как в одном слове соединились арабская и персидская лексика, а русская грамматика превратила восточное имя в фамилию, понятную в документах XIX–XX веков.