Фамилия Кабимоллаев образована от личного имени Кабимолла. В основе имени лежат два арабских корня. Первый — «каби» («кави»), что значит «сильный, крепкий, могучий». Второй компонент восходит к слову «мулла» — «учитель, духовное лицо, настоятель мечети». Имя Кабимолла, таким образом, можно прочитать как «сильный мулла» или «могучий учитель». Родители, называя сына, могли желать ему вырасти физически крепким и одновременно духовно развитым человеком.

Однако возможна и другая, более бытовая версия происхождения. Фамилия могла возникнуть как указание на сына конкретного человека: «Каби, сын муллы». В тюркских и кавказских языках, где распространена эта фамилия, компонент «молла» или «мулла» часто присоединялся к имени отца или деда, обозначая его социальный статус. В таком случае родоначальник фамилии — не сам Кабимолла, а человек по имени Каби, чей отец был муллой.

Фамилия образована по типичной для русского языка модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или «й». Суффикс указывает на принадлежность: «Кабимоллаев» — потомок Кабимоллы. Несмотря на арабские корни в основе, сама фамилия — результат русской делопроизводственной традиции XIX–XX веков, когда фамилии в таком оформлении закреплялись за мусульманскими семьями на Кавказе и в Средней Азии. Встречаются варианты написания с одной «л» — Кабимолаев, что связано с особенностями произношения в местных говорах.