Фамилия Качубей — одна из тех, что сразу выдают южное, степное происхождение. Её основа — украинское или тюркское прозвище, и в этом кроется главная интрига. Традиционная версия, которую приводят большинство ономастов, связывает фамилию с украинским словом «качуба» — так в некоторых говорах называли кочку, бугор, а также невысокого, коренастого человека. Прозвище Качубей могли дать либо по внешности (приземистый, плотный), либо по месту жительства — на бугре, у кочковатой местности.

Но есть и тюркский след, который нельзя сбрасывать со счетов. В тюркских языках «качубей» может разлагаться на «качу» (беглец, изгнанник) и «бей» (господин, князь). Получается «князь-изгнанник» или «беглый бей» — прозвище, которое могли дать знатному человеку, потерявшему власть и ушедшему в чужие земли. Эта версия особенно интересна в контексте истории: фамилия известна на Украине с XVI–XVII веков, и её носили казацкие старшины. Самый знаменитый носитель — Василий Кочубей, генеральный писарь Войска Запорожского, казнённый Мазепой. Его род претендовал на знатное, возможно, татарское происхождение, что делает тюркскую этимологию вполне правдоподобной.

Морфологически фамилия стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, которые привязывают фамилию к отцу или местности. Качубей — это чистое прозвище в именительном падеже, застывшее в роли фамилии. Такая модель характерна для украинских казацких фамилий (как-то Богдан, Гонта, Шрам), где прозвище не переделывали под притяжательную форму, а оставляли как есть. Это говорит о том, что основатель рода, скорее всего, был человеком заметным, прозвище приросло к нему при жизни и перешло к потомкам без изменений.

Географически фамилия плотно привязана к Левобережной Украине и югу России. В XIX веке Кочубеи — это малороссийское дворянство, помещики Полтавской и Черниговской губерний. Однако встречается фамилия и у простых крестьян, и у мещан — прозвище могло возникать независимо в разных местах. В современной России Качубей — нечастая фамилия, но устойчивая: она не угасла, как многие старые казацкие фамилии, а сохранилась в нескольких десятках тысяч носителей.

Спор между славянской и тюркской версиями не решён окончательно. Словарь украинских фамилий обычно склоняется к «кочке», но история рода Кочубеев, возводившего себя к татарскому мурзе, подливает масла в огонь. Скорее всего, перед нами случай контаминации: тюркское прозвище было переосмыслено народной этимологией как понятное украинское слово. Для рядового носителя фамилии сегодня это уже неважно — Качубей звучит как что-то родное, степное, казацкое, и в этом его главная сила.