Фамилия Кочубей — один из ярких примеров тюркского влияния на русскую аристократию. Её основа — прозвище, которое восходит к тюркскому «koçu bej», что означает «маленький господин» или «младший князь». Уже в этом корне заложено указание на знатное происхождение, хотя и не на высшую ступень иерархии.

Историческая память рода связывает его появление на Руси с серединой XIII века. Согласно наиболее распространённой версии, родоначальник Кочубеев — некий Кичи-бей, который пришёл в Литву в составе булгар, спасавшихся от монгольского нашествия. Другая версия, не менее авторитетная, относит переселение ко временам великого князя литовского Ольгерда (1345–1377): тогда из Орды на службу к нему перешёл знатный татарин по имени Кочу-бей.

Обе гипотезы сходятся в одном: фамилия имеет не славянскую, а степную, кочевую этимологию. Существует и альтернативное толкование самого прозвища — не «маленький господин», а «кочевой князь» (от «koch bej»). Эта версия менее популярна у лингвистов, но её охотно поддерживают те, кто хочет подчеркнуть древность и независимость рода.

В русской истории фамилия прочно связана с Василием Кочубеем — генеральным судьёй Войска Запорожского, сподвижником Петра I и главным соперником гетмана Мазепы. Его драматическая судьба (казнь по ложному доносу, а затем посмертная реабилитация) сделала Кочубеев одной из самых известных малороссийских фамилий в имперский период.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Она закрепилась в исходной тюркской форме, без адаптации, что указывает на высокий социальный статус первых носителей — их не «обрусевали» через суффикс, а оставляли родовое имя как есть.