Фамилия Кочубейник образована от прозвища Кочубей. Так, прозвище Кочубей ведет свое начало от тюркского словосочетания «kochu bej», т.е. «маленький господин», по другим версиям - «маленький жеребенок». Вероятно, это прозвище содержало указание либо на социальное положение основателя фамилии (богатый, уважаемый, принадлежащий к привилегированному сословию), либо на род деятельности предка (коневодство). Так и прозвище Кочубей закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Кочубейник. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кочубей, со временем получил фамилию Кочубейник.