Фамилия Кочубеев образована от прозвища Кочубей. Так, прозвище Кочубей ведет свое начало от тюркского словосочетания «kochu bej», т.е. «маленький господин», по другим версиям - «маленький жеребенок». Вероятно, это прозвище содержало указание либо на социальное положение основателя фамилии (богатый, уважаемый, принадлежащий к привилегированному сословию), либо на род деятельности предка (коневодство). Согласно одной из гипотез, род Кочубеевых ведет свое начало от Кичи бея, пришедшего в Литву еще в середине XIII века, предположительно, в составе булгар, бежавших от монгол. Возможно также, что родоначальником Кочубеевых был Кочу Бей, перешедший из Орды на службу к Великому князю литовскому Ольгерду (1345 - 1377 гг.). Так и прозвище Кочубей закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Кочубеев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кочубей, со временем получил фамилию Кочубеев.