Фамилия Кочубеев — одна из тех, где за русским окончанием -ев скрывается тюркская основа. Прозвище Кочубей, от которого она образована, восходит к тюркскому «koçu bej». Здесь два основных толкования: «маленький господин» (указание на социальное положение) или «маленький жеребенок» (возможная связь с коневодством). Оба значения не противоречат друг другу — прозвище могло одновременно характеризовать и статус предка, и его занятие.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев присоединился к основе Кочубей, превратив личное прозвище в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть «сын Кочубея». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ей.

Интереснее историческая версия происхождения рода. По одной из гипотез, Кочубеевы ведут начало от Кичи бея, который оказался в Литве в середине XIII века — предположительно, в составе булгар, спасавшихся от монгольского нашествия. Другая версия называет родоначальником некоего Кочу Бея, перешедшего из Орды на службу к великому князю литовскому Ольгерду (1345–1377). Обе гипотезы указывают на то, что прозвище Кочубей закрепилось за человеком не случайно, а как указание на его происхождение или положение, и уже от этого прозвища по наследству пошла фамилия.

Таким образом, Кочубеев — не просто фамилия со степным колоритом, а возможный след сложных миграций XIII–XIV веков, когда выходцы из тюркской среды оседали в Великом княжестве Литовском и со временем встраивались в русскую аристократию.