Фамилия Кочубеков образована по самой распространённой в русском языке модели — от имени или прозвища с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «чей?» — Кочубеков, то есть сын Кочубека. Корень здесь тюркский, что сразу подсказывает вероятную этническую среду возникновения — контактная зона русских и тюркских народов, скорее всего, Северный Кавказ, Закавказье или Поволжье.

Основа «Кочубек» — сложное имя, типичное для тюркской ономастики. Первая часть «коч» (или «көч») в тюркских языках означает «кочевье», «переселение», «сила», «могущество». Вторая часть «бек» — древний титул «князь», «господин», «владыка». Таким образом, имя Кочубек можно перевести как «могучий князь», «сильный правитель» или «князь-кочевник». Встречаются и другие толкования: например, от «көч» в значении «переезд» — то есть «бек, находящийся в пути», что тоже правдоподобно для кочевых культур. Имя Кочубек фиксируется у народов Кавказа и Средней Азии, но в качестве фамилии оно получило русское оформление.

В русской среде фамилия Кочубеков могла возникнуть двумя путями. Первый: её дали при крещении или переходе в православие, когда бывшее личное имя становилось фамилией. Второй: она могла появиться у русских переселенцев, живших среди тюркоязычных соседей и получивших прозвище по имени местного старейшины или соседа. В любом случае, суффикс -ов указывает, что предок носителя фамилии был русским или обрусевшим человеком, а само имя Кочубек — скорее всего, именем отца или основателя рода.

Фамилия редкая. В дореволюционных источниках она почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании. Среди известных носителей нет громких исторических фигур, поэтому основная ценность фамилии — в её прозрачной этимологии, которая связывает владельца с тюркским миром и русской фамильной традицией одновременно. Если вы Кочубеков, ваши предки, вероятно, жили в зоне межэтнического контакта, а само имя предка звучало гордо — как титул, а не просто прозвище.