Фамилия Кочубеевский образована от аналогичного прозвища, восходящего к топониму Кочубеевск. Так называется город в Ставропольском крае. Возможно также, что прозвище Кочубеевский связано с топонимом Кочубеево. Населенный пункты с названием Кочубеево встречаются на территории России. Названия Кочубеево и Кочубеевск берут начало от имени Кочубей. Оно происходи от древнетюркского словосочетания küčü bej со значением «малый князь». Вероятно, прозвище Кочубеевский указывает на место, родом из которого был человек. Так могли назвать выходца из Кочубеевска и Кочубеево.